肛周脓肿的治疗原则是一旦诊断明确且局部已经成脓就应手术，但因某些特殊情况而不能手术者，可暂时行保守治疗，如局部感染灶只以炎性肿块表现，并未成脓者，或脓肿合并白血病、心脏病等全身严重疾病者。保守治疗主要是抗炎，分全身给药和局部给药，全身可用庆大霉素、灭滴灵、氧氟沙星等抗革兰氏阴性杆菌类药物，同时也可配合中药治疗，根据辨证，可选用中药清营解毒汤或青蒿鳖甲汤口服。局部给予清热解毒、活血化瘀类中药外洗或制成膏剂外敷，如祛毒汤、安氏熏洗剂、金黄膏、玉露膏等。若肛门疼痛剧烈，可适当选择杜冷丁、强痛定等止痛药。

肛周脓肿的手术治疗，目的是彻底切开脓腔和感染来源的内口，使脓液流出，脓腔壁脱落，再通过肉芽生长填塞脓腔，最后使脓肿治愈。术中应注意，确定内口应准确，切开应充分，不留死腔，引流通畅。